Sì, il Sistema di Interscambio può scartare la fattura elettronica o il lotto di fatture elettroniche, anche correttamente ricevute, se queste non superano determinati controlli che vengono effettuati sul file.

In caso di mancato superamento dei controlli, viene recapitata entro 5 giorni una ricevuta di scarto del file al soggetto trasmittente sul medesimo canale con cui è stato inviato il file XML al SdI, e la fattura elettronica si considera non emessa.